Astropy.io.fits

>>> hdulist = fits.open('input.fits')
>>> hdulist.info()

header

>>> hdr=hdulist[0].header
>> list(hdr.keys())
>>> hdr['targname']
>>> header[:2] #只看前面两个
>>> hdr.set('observer', 'Edwin Hubble') #添加header

• FITS标准使用的特定结构关键字集随HDU类型的不同而不同,还有许多其他保留的关键字，例如用于数据缩放的关键字，或用于表的列属性的关键字，如FITS标准中所述。其中大多数都可以通过Column或HDU对象的属性访问，例如用HDU .name设置EXTVER的 EXTNAME或HDU.ver。结构关键字将作为通用操作的结果进行检查和/或更新。例如,关键字NAXIS*从数据形状(.data.shape)中设置，BITPIX从数据类型(.data.dtype)中设置,调用HDU的验证方法(PrimaryHDU.verify()),一些关键字可以自动修复。

comment/hitory

>>> hdr['history'] = 'I updated this file 2/26/09'
>>> hdr['comment'] = 'Edwin Hubble really knew his stuff'
>>> hdr['comment'] = 'I like using HST observations'
>>> hdr['history']
I updated this file 2/26/09
>>> hdr['comment']
Edwin Hubble really knew his stuff
I like using HST observations
>>> hdr['comment'][1] = 'I like using JWST observations'
>>> hdr['comment']
Edwin Hubble really knew his stuff
I like using JWST observations

fits table 的读与写

• 读

hdu = fits.open('SFH_LMC3_out.fits')
hdu.info() #看看哪些hdu
data=hdu[1].data
cols=hdu[1].columns
data.columns #看看有那些列
data.field(0) #读取第一列，也可以拿到列的名字，然后data['tag']读取
data[0] #第一行

• 修改columns中某个keyword的值

columns = fits.ColDefs(hdul[1].columns)
clumns1.change_attrib(col_name='DATA',attrib='format',new_value='8388608B')

• 写

from astropy.table import Table
t=Table([Bage,fzbin,Age_weight2],names=('Age','z','weights'))
t.write('SFH_LMC3_out.fits',format='fits')

• 更新

可以使用**HDUList.flush()方法将自open()**以来所做的所有更改写回原始文件。**close()**方法将对以更新模式打开的FITS文件执行相同的操作:

with fits.open('original.fits', mode='update') as hdul:
   # Change something in hdul.
   hdul.flush()

fits文件打开过多错误

• [1]
• fits.close()
• 可能还根系统设置有关

ulimit -a
ulimit -n 100000
vim /etc/security/limits.conf

• 把python的软限制编程硬限制,参见 [2],下面方法貌似也不管用

import resource
soft, hard = resource.getrlimit(resource.RLIMIT_NOFILE)
resource.setrlimit(resource.RLIMIT_NOFILE, (hard, hard))

• lsof -p 进程id > openfiles.log命令，获得当前占用句柄的全部详情进行分析
• 实测这两个效果不好（python 3.8）

• del hdu.data
• hdu = fits.open(fits_name,memmap=False) #打开fits文件数目比较多的情况下

fits image读写

n = np.arange(100.0) 
hdu = fits.PrimaryHDU(n)
hdu.writeto('new2.fits')
hdu.writeto('new2.fits')

• 如果超过一个hdu

>>> hdul = fits.HDUList([hdu])
>>> hdul.writeto('new1.fits')